Джон Гавин Малкович е роден на 9 декември 1953 г. в Кристофър, Илинойс. Родителите му са журналисти. Израства с три по-малки сестри и един по-голям брат, които по-късно също избират журналистическата професия.
Малкович никога не е крил, че няма идилично детство и младост – баща му и брат му често го бият. На 16 години тежи 102 кг и трябва да понася прякора Прасенцето. Играе бейзбол и дори иска да стане професионалист.
Започва да се занимава с актьорско майсторство случайно.
Пътят му към сцената и прожекторите обаче е заобиколен – става шофьор на автобус, учи биология и социология в колежа, опитва се да учи театър в два университета в Илинойс. Отпада и от двете места.
През 1976 г. Джон Малкович става част от театралната трупа „Степънулф“ в Чикаго заедно с Гари Синийз, Глен Хедли (с която сключва брак) и Джоан Алън. Четири години по-късно той вече е в Ню Йорк и играе в пиесата „Истинският Запад“ на Сам Шепърд. Именно тя слага началото на големия му успех в театъра.
Филмът „Място в сърцето“ от 1984 г. пък му донася първата номинация за награда „Оскар“. Екранизацията на
„Опасни връзки“ от 1988 г. му носи световна известност,
но и семеен крах. Екранната афера с Мишел Пфайфър се пренася и в живота. Заради нея се стига до края на брака му с Глен Хедли. През 1998 г. Малкович започва връзка с режисьора Николета Пейран, с която остава и до днес. Двойката има две деца, чийто живот е извън светлината на прожекторите.
Сред знаковите роли на Малкович в киното е тази на Лени в „За мишките и хората“ от 1992 г. под режисурата на приятеля му от младежките години Гари Синийз. Той е актьор, който не може да бъде вкаран в клишета – играл е и в комерсиални екшъни („Под прицел“, „Въздушен конвой“), и в исторически драми („Мери Райли“, „Желязната маска“), а чувството му за самоирония спомага за касовия успех на „Бесни страшни пенсии“.
През тази година Малкович игра пред българската театрална публика в Народния театър в пиесата „В самотата на памуковите полета“, а също и във Варна в „Адска комедия: признанията на един сериен убиец“.
Очаква се през театрален сезон 2024/2025 г. той да
постави в Народния театър „Оръжията и човекът“ на Бърнард Шоу.
През февруари 2023 г. Джон Малкович и американският фотограф Сандро Милър откриха изложбата „Почит към майсторите на фотографията“ в галерия „Квадрат 500“ в София, припомня БТА.
Той е и моден дизайнер – един по-малко известен факт на фона на кариерата в киното и театъра. Неговата компания Mr. Mudd е основана през 2002 г. Според него има много общо между дизайна и режисурата.
„Ако режисирам пиеса, не искам да поставям нечия друга продукция. Може да харесвам чуждата работа, но трябва да режисирам своята собствена. Това е всичко, което имаме – нашата гледна точка към света и нашия собствен стил. Стилът е единствената константа в живота“, коментира Малкович в интервю пред „Венити феър“ през 2017 г. по повод модните си колекции.
